Die 1972 in Siegen geborene Silke Merzhäuser studierte Politische Wissenschaft, Literaturwissenschaft und Sozialpsychologie an der Universität Hannover. In der Spielzeit 2000/01 war sie als Dramaturgie-Assistentin am schauspielhannover unter der Leitung von Wilfried Schulz tätig. Anschließend arbeitete sie als Dramaturgie-Assistentin am Theater Basel und als Dramaturgin am Luzerner Theater bei Barbara Mundel.

Sie arbeitete mit Regisseuren wie Robert Lehniger, René Pollesch, Michael Talke, Meret Matter, Rafael Sanchez und Stephanie Sewella zusammen. Es folgten Tätigkeiten als freie Dramaturgin und Produktionsleiterin, u.a. beim Theaterfestival Basel und am Theater Winkelwiese Zürich. Mit der Spielzeit 07/08 kam Silke Merzhäuser als Dramaturgin an das Deutsche Theater in Göttingen. Im Sommersemester 2009 wird sie an der Georg-August-Universität Göttingen einen Lehrauftrag für ein Seminar zu zeitgenössischer Dramatik wahrnehmen.