Franziska Autzen arbeitet seit 2017 als freischaffende Regisseurin. Am Thalia Theater Hamburg inszenierte sie unter anderem die Romanadaptionen »Auerhaus« von Bov Bjerg und »Im Herzen der Gewalt« von Édouard Louis. Danach folgte die Comicadaption über die Kulturgeschichte der Vulva »Der Ursprung der Welt« von Liv Strömquist am Schauspiel Hannover. Seit der Spielzeit2020/21 ist sie Hausregisseurin am Theater Konstanz und Mitkuratorin des Festivals Let‘s ally. Neben dem Thalia Theater Hamburg, Schauspiel Hannover, Theater Konstanz arbeitete sie am Théâtre National du Luxembourg und dem Theater Gießen.